بیماری های ناشی از عوامل غیر زنده : بیماری های فیزیولوژیک
ـ سرمای بی موقع و یخبندان:
سرمای بی موقع د ر ابتدای پاییز می تواند به میوه های برداشت نشده که که برای کنسرو کردن در نظر گرفته شده اند آسیب برساند. چنین سرماهایی معمولآ باعث آسیب رسیدن به بخشی از محصول می شود . چون زیتون در طول یک مدت طولانی برداشت می شود و قسمت اعظم محصول معمولآ قبل از بروز سرما برداشت شده است. چند روز پس از سرما زدگی ، تاول هایی در  میوه بوجود می آید . تاولها نشان دهنده آسیب رسیدن به بافتهای داخلی میوه هستند و این زیتون ها دیگر برای تولید کنسرو مناسب نیستند و از آنها در تهیه روغن استفاده می شود.
سرماهای سخت اکثرآ بعد از برداشت زیتون به وقوع می پیوندند، بنابراین بیشترین خسارت را به محصول سال بعد وارد می کنند. دماهای زیر ?.? - درجه باعث آسیب دیدن یا از بین رفتن درختان کوچک و شاخه های گل دهنده می شوند و محصول سال بعد را کاهش می دهند. دماهای زیر ?.? - درجه می توانند باعث مرگ شاخه های اصلی یا کل درخت شوند.
در ضمن سرماهای سخت باعث تشدید خسارت بیماری گره زیتون می شوند و ترکهایی را در درخت ایجاد می کنند که برای ورود باکتری بسیار مناسب است و درنهایت ممکن است درخت در اثر آسیب ناشی از گره زیتون از بین برود.
برای حل این مشکل باید از ارقام مقاوم به سرما استفاده کرد. درختان Manzanillo بسیار حساستر از ارقام Mission , Sevillano  و Ascolando هستند.
ـ سرماهای طولانی مدت :
بروز هوای سرد و مرطوب در بهار خطری طبیعی است که مکررآ در زراعت زیتون اتفاق می افتد. سرماهای طولانی و غیر طبیعی در طول فروردین و اردیبهشت نمو جوانه ها را به تاخیر می اندازد و باردهی را کاهش می دهد. گلهای ماده آسیب می بینند و این امر باعث  کاهش تولید محصول می شود.
ـ تگرگ :
بارش تگرگ باعث ایجاد فرورفتگی ها یا زخمهایی قهوه ای رنگ در سطح میوه می شود و زیتون های آسیب دیده برای پرورده کردن مناسب نیستند و به قیمتهای پایینی به فروش می رسند. در برخی موارد بارش تگرگ می تواند به ?? درصد از محصول خسارت وارد کند.
ـ خشکسالی :
اگرچه درختان زیتون تا حدودی به خشکی مقاومند ولی کمبود رطوبت در طول  دوره تکمیل جوانه های گل، باعث کاهش محصول می شود. استرس ناشی از فقدان آب و مواد غذایی منجر به ریزش گلهای ماده و قسمت عمده ای از گلهای نر  می شود.
البته در کشتهای آبی این مشکل وجود ندارد ولی باید دقت کرد که در هر دور آبیاری، آب کافی در اختیار گیاه قرار گیرد.
ـ بارندگی های شدید و سیل :
خاکهایی که زهکش مناسب ندارند و یا دارای یک لایه نفوذ ناپذیر هستند، در طول بارندگی های طولانی مدت و شدید، آب را در خود نگه می دارند و این امر موجب تهویه نامطلوب و از بین رفتن ریشه ها می شود.اشباع ماندن خاک به مدت زیاد باعث خشک شدن پاجوش ها و در برخی موارد کل درخت می شود. به علاوه، خاکهای اشباع باعث توسعه عوامل بیماری زای خاکزاد مانند فیتوفترا و ورتیسیلیوم می شوند. بارندگی های شدید بیشتر در زمستان و بهار اتفاق می افتند. سیلاب های بهاری هم ممکن است به درختان آسیب وارد کنند و باعث کاهش گلدهی و باردهی درخت شوند.
ـ باد و گرمای شدید :
درختان زیتون به طور طبیعی در مناطق گرم و خشک به خوبی زندگی می کنند ولی گرمای شدید در دوره گلدهی باعث افزایش ریزش گلها و کاهش محصول میشود.
ـ آتش :
آتش می تواند کل بخش هوایی درخت را از بین ببرد. آتش سوزی به ندرت در باغهای زیتون اتفاق می افتد ولی دیده شده است که برخی از باغداران در بین ردیفهای درختان جو می کارند و  جوهای خشک شده احتمال آتش سوزی را بالا می برند. کوتاهی در کنترل علفهای هرز هم می تواند باعث آتش سوزی شود چون علفهای هرز پس از اسقرار و رشد در باغ، خشک می شوند و ممکن است باعث بروز آتش سوزی و خسارت شوند

بیماری های ویروسی زیتون:
ـ ویروس لکه حلقوی پنهان زیتون :  (Olive Latent Ringspot Virus  ( OLRSV
این ویروس از ویروس های آلوده کننده گیاهان است و اولین بار از Lazio در ایتالیا گزارش شد. این ویروس متعلق به جنس Nepovirus از خانواده Comoviridea است.دارای نوکلئوکپسید ایزومتریک با قطر ?? نانومتر که زاویه دار به نظر می رسد. ماده ژنتیکی به شکل ss_RNA است.
میزبان طبیعی این ویروس درخت زیتون ( کلآ Olea spp ) است که هیچ علائم ظاهری در درخت دیده نمی شود.
این ویروس را می توان در مزوفیل و اپیدرم برگها و سیتوپلاسم و واکوئول سلول ها پیدا کرد.سلول های آلوده دارای Inclusion هستند که در واقع کریستالهای داخل سلولی و اجسام غشاء دار سلولند که ویریون ها را در بر می گیرند.سایر تغییرات سیتوپلاسمی شامل دسته دسته شدن کلروپلاست ها و رشد انگشتی شکل سلول به طرف خارج می باشد.
این ویروس از طریق روشهای مکانیکی و پیوند انتقال می یابد. پراکندگی آن در کشور ایتالیا است.
ـ ( OLive latent Virus 1 : ( OLV_1
از ویروس های آلوده کننده گیاهان است و به جنس Necrovirus از خانواده Tombusviridea تعلق دارد. اولین با از O. europaea از Apulina در ایتالیا گزارش شد.
این ویروس دارای نوکلئوکپسیدهای ایزومتریک به قطر ?? نانومتر و زاویه دار است. دارای ss_RNA مثبت است. ویریون ها دارای ?? درصد پروتئین و فاقد لیپید هستند.
میزبان طبیعی آن زیتون است که هیچ علائمی روری آن دیده نمی شود. انتقال از طریق تلقیح مکانیکی است.
شیره گیاهی دارای تعداد زیادی ویریون است. ویریون ها در برگ ( در سیتوپلاسم مزوفیل ) دیده می شوند. Inclusion ها در سیتوپلاسم وجود دارند. اندامک های وزیکولی و لوله ای سلول دارای ویریون هستند.
ـ ( Olive Latent Virus 2 : ( OLV_2
متعلق به جنس Oleavirus از خانواده Bromoviridea است. اولین بار از جنوب ایتالیا از Apulina از درختان زیتون گزارش شد.
دارای ss_ RNA است و ویریون ها را می توان در سیتوپلاسم سلولهای مزوفیل برگ پیدا کرد . سلولهای آلوده فاقد Inclusion هستند. ارگانلهای بزرگ سلولی به غیر از هسته تحت تاثیر ویروس قرار می گیرند.میزبان طبیعی آن زیتون است، بدون علامت. انتقال از طریق مکانیکی.
به نظر می رسد که این ویروس یک نوع Ilarvirus باشد یا نسبتی با ویروس موزائیک یونجه داشته باشد. بیشتر خصوصیات آن شبیه ویروس zonate spot شمعدانی عطری ( Pelargonium ) است